在各种强直性脊柱炎并发症中，最为危险的莫过于眼部病变和神经系统病变了。前者极度影响了患者的视力，令患者生活和工作无法顺利。而后面这种强直性脊柱炎并发症往往就是患者致残的原因。

据研究，25%强直性脊柱炎并发症出现有结膜炎、虹膜炎、眼色素层炎或葡萄膜炎等。虹膜炎易复发，病情越长发生率愈高，但与脊柱炎的严重程度无关，有周围关节病者常见，少数可先于脊柱炎发生。眼部疾病常为自限性，有时需用皮质激素治疗，有的未经恰当治疗可致青光眼或失明。

由于脊柱强直及骨质疏松，易使颈椎脱位和发生脊柱骨折，而引起脊髓压迫症;如发生椎间盘炎则引起剧烈疼痛; 强直性脊柱炎 后期可侵犯马尾，发生马尾综合征，而导致下肢或臀部神经根性疼痛;骶神经分布区感染丧失，跟腱反射减弱及膀胱和直肠等运动功能障碍。这些都是常见的强直性脊柱炎并发症。

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