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其主要不足之处有如下几点：
(1)操作复杂。与脊髓造影相比，髓核造影对操作的要求显然是高得多，这就加大了其失败的可能性。
(2)可能引起感染。由于椎间盘是无血运的组织，故而抵制感染的能力很差，一旦由于穿刺时无菌条件不洁而引发椎间隙感染，则很难控制。
(3)加重疼痛症状。注入造影剂时，可能引起并加重原椎间盘突出症状。若将造影剂注入纤维环内，可能刺激纤维环内的感觉神经而引发腰背部正中部位疼痛。
在70年代或是更早的时期，髓核造影与脊髓造影、静脉造影、硬膜外造影，其准确率大致相等，均是常被采用的特殊造影方法。
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